1.关于病毒本身的特性因素。当前，从禽体内分离的禽流感病毒有17个HA亚型，有10个NA亚型，可以组合成170种病毒株。
禽流感病毒中对免疫效果起决定作用的是HA基因，也就是说一种亚型的禽流感病毒制备的疫苗只能预防相应亚型的禽流感，如H5亚型禽流感疫苗只能预防H5亚型禽流感。对于H５亚型禽流感病毒而言，又要考虑其HA基因的进化分支问题。已有的研究成果及疫苗应用的经验均表明，疫苗种毒株与流行株越接近，免疫效果越好。目前，根据HA基因的划分，我国南方和北方都存在2.3.2分支H5亚型禽流感病毒，北方地区主要存在7.2分支病毒，这两类病毒相差较大，只有在相应分支内分别选用与流行株最接近的疫苗种毒株制备疫苗，分别进行预防，才能起到良好的免疫效果。NA基因对于加强疫苗的免疫效果也具有重要作用，因此，选择疫苗种毒时，应考虑疫苗种毒株的NA亚型与流行毒株相一致。当前的研究结果表明，流感病毒内部基因所起的免疫作用不大，不能用高度保守的内部基因研制通用的禽流感疫苗。
2.疫苗种毒是否具有代表性的因素。确定了要预防的禽流感亚型后，比方说H5亚型，我们首先要充分考虑禽流感病毒的抗原性问题，要在2.3.2或7.2分支H5亚型禽流感病毒的同一分支内尽可能选择抗原性与大多数流行株都接近的疫苗种毒株，制成疫苗后才能对当前流行株均起到良好的免疫保护作用。其次要考虑N亚型的问题，尽量与流行株一致；目前，我国目前分离的H5亚型禽流感病毒绝大部分都是H5N1亚型的，其他H5亚型的病毒则寥寥无几，选择种毒时需要在大量病毒中寻找具有代表性的病毒。
3.种毒的宿主来源因素。2004年至今，我国已经应用了多个毒株的H５亚型禽流感灭活疫苗。自２００５年，我们将用自然弱毒株研制的H５N２亚型禽流感灭活疫苗淘汰后，已研制出多个重组禽流感病毒灭活疫苗，这些重组病毒来源于鸡、鸭和鹅的都有，但均对各种禽类均有良好的免疫作用，也就是疫苗免疫效果与种毒的宿主来源无关。当前所用的重组禽流感病毒灭活疫苗，种毒都是来源于我国H５N１亚型禽流感强毒株，是在大量流行株中精挑细选的，具有非常广泛的代表性，再加上我们用分子修饰手段使强毒变弱以及利用重组使病毒更易于繁殖等手段从而保障了疫苗中含有较高的抗原含量，进而增强了疫苗的免疫效果。
